Comentario
La conquista tardía del Nuevo Reino de Granada no acabó hasta 1550, cuando se creó la Real Audiencia de Santa Fe de Bogotá con el cometido de administrar las provincias de Santa Fe, Tunja, Cartagena, Santa Marta y Popayán (esta última dependió luego de la Audiencia de Quito). La Audiencia gobernó mediante sistema colegiado 14 años, durante los cuales se evidenció su incompetencia política y militar, aparte de acometer ruidosos pleitos (contra Benalcázar, Armendáriz, Galarza, Góngora y Montaño). En el Reino había gran cantidad de españoles -por lo tardío de su conquista- a los que se unieron otros venidos del Perú (peruleros) que no pudieron obtener encomiendas, ni cargos públicos y que constituyeron una hueste de vagabundos. Con su respaldo se alzó Alvaro de Oyón en La Plata, saqueando las poblaciones de Timaná y Villavieja. Fracasó al intentar tomar Popayán donde fue capturado y ajusticiado. Durante el gobierno de la Audiencia, se fundaron numerosas poblaciones mineras o centros de comunicación, como Ibagué, Villeta, Mariquita, Almaguer, los Muzos y La Palma. En 1564 se inauguró la Gobernación togada, nombrándose un graduado en Leyes como Presidente y Capitán General, con lo que la Audiencia quedó relegada desde entonces a su papel jurídico. El mismo año se creó el arzobispado de Santa Fe, con los obispados sufragáneos de Cartagena y Popayán. La Presidencia Togada fue mejor que la colegiada. Incentivó la producción de oro, plata y esmeraldas y practicó la política tradicional de utilizar los indios en los trabajos productivos, pero cuidando de aplicar las leyes contra la explotación de los naturales. Las fundaciones prosiguieron con Ocaña, Villa de Leiva y Zaragoza. Por la costa atlántica aparecieron los contrabandistas y corsarios ingleses. En 1596 Drake destruyó Riohacha y Santa Marta.
En 1605 se constituyó la Presidencia de Capa y Espada, nombrando Gobernador, Presidente de la Audiencia y Capitán General a un militar (don Juan de Borja). Durante el siglo XVII, se hizo la guerra contra los indios pijaos, de resultas de la cual pudieron unirse los territorios central y occidental del Reino, y otra contra los carares y yareguíes para despejar la navegación por el río Magdalena. La colonia se asentó mediante las fundaciones del Tribunal de Cuentas (1605), de la Inquisición (1610), de la Casa de Moneda (1620) y de las universidades Javeriana (1622) y Santo Tomás (1639). En la costa atlántica, se fortificó Cartagena -no así Santa Marta- que no pudo resistir, pese a esto, el ataque de la armada francesa mandada por el barón de Pointis (ayudado por los filibusteros) en 1697. Fue la última vez que se tomó esta plaza. Durante la segunda mitad del siglo abundaron los enfrentamientos entre criollos y españoles, dando paso a ruidosos escándalos, como el promovido durante la presidencia de Pérez Manrique. El Nuevo Reino tuvo una gran riqueza agropecuaria orientada hacia la subsistencia. Exportaba oro (producido en Popayán y Antioquia, más tarde el Chocó), esmeraldas y perlas.